На протяжении 16 веков нашей эры, особенно начиная со II в., господствовали религиозно-мистические представления о явлениях в живой природе. Этот период схоластики оставил нам лишь описания некоторых болезней лекарственных растений.
Для XVI — XVIII вв. характерны миколого-флористические исследования, в результате которых появляются ссылки на паразитические грибы. При этом они рассматривались как экссудаты или выделения самих растений, согласно господствовавшей в то время теории экзантем (сыпей).
Только выдающиеся исследования болезней растений, осуществленные в середине XIX столетия, в связи с разразившимися эпифитотиями фитофтороза картофеля, килы капусты и др., позволили окончательно отвергнуть теорию экзантем и утвердить положение о том, что паразитические грибы — не следствие, а причина болезней растений. Становится возможным изучение такого биологического явления, как иммунитет.
В начале XIX столетия Найт в Англии положил начало изучению устойчивости некоторых сортов пшеницы к ржавчине. Карлетон (США) опубликовал в 1899 г. сводку наблюдений над поражаемостью сотен сортов культурных злаков, отмечая разную степень их заболеваний. Рид дал характеристику 78 сортов пшеницы относительно различий в пораженности мучнистой росой. Позже были описаны болезни тонкости ухода за виноградом осенью и весной, а так же влияние заболеваний на урожай виноградников.
Фитоиммунология начала развиваться лишь в XX в., т. е. значительно позже, чем учение об иммунитете человека и животных.
По мере выявления основных особенностей фитоиммунологии очень четко проступают некоторые закономерности, свойственные явлениям иммунитета животных организмов, что вполне естественно в связи с едиными корнями жизни растительного и животного мира.
Более полное и глубокое понимание такого биологического явления, как иммунитет к инфекционным заболеваниям, возможно лишь на основании знаний об общих закономерностях, присущих как животному, так и растительному организму.
Относительно общности закономерностей иммунитета растений и животных организмов существуют разногласия. Одни отрицают всякую возможность такой общности, а другие, наоборот, стирают грань между этими двумя категориями живого мира.
Отрицание связи иммунитета растений и животных основывается на утверждении, что якобы нет ничего общего между растениями и животными ни в их строении, ни в жизненных функциях, а потому нет и связи в таком свойстве, как иммунитет. Главный аргумент в отрицании тот, что у растений нет нервной системы, кровообращения, пищеварения и др., т. е. всего того, что составляет особенность животного организма.