19 марта 2013 года ФГБУ «Национальный центр безопасности продукции водного промысла и аквакультуры» Россельхознадзора в установленном Правительством Российской Федерации порядке аккредитовано Федеральной службой по аккредитации (Росаккредитация) в качестве экспертной организации в сфере государственного ветеринарного контроля и надзора по проведению анализа эпизоотической обстановки в рыбоводстве и рыболовстве для обеспечения выпуска безопасной продукции водного промысла и аквакультуры, в том числе по проведению оценки ветеринарно-санитарного состояния водоемов.
Учреждением запланирована работа в этом направлении.